Klinikinė laboratorija Šakių ligoninėje įkurta maždaug prieš 50 metų. Laboratorijoje, kuriai vadovauja Marina Augustaitienė, dirba 3 medicinos biologės, devyni biomedicinos technologai ir viena pagalbinė laboratorijos darbuotoja.
2005 m. metais įsigyta nauja aparatūra ir programinė įranga, leidžianti tyrimus atlikti kokybiškai ir greitai. Tai – hematologinis ir imunologinių tyrimų analizatoriai, biocheminis analizatorius „Konelab“ ir kt.
Visą parą veikiančioje laboratorijoje, naujoviškos aparatūros ir sąžiningų, kvalifikuotų laboratorijos darbuotojų pagalba, atliekami biocheminiai, hematologiniai, imunologiniai tyrimai: skydliaukės, prostatos, vėžio žymenys, kraujo grupės ir Rh faktoriaus nustatymai, kraujo tapatumo nustatymas kraujo perpylimui, serologiniai tyrimai (ŽIV, RPR) ir kt.
Laboratorija dalyvauja išorinėje kokybės kontrolės programoje, taip pat čia atliekama ir vidaus kokybės kontrolė. Todėl tyrimai atliekami kiek įmanoma tiksliai ir kokybiškai.
Šakių ligoninės laboratorija licencijuota.